FAI Guanajuato nació como una organización regional afiliada a la Alianza Internacional Save the Children, fundada en 1919 en Londres y que se constituye en el movimiento independiente más grande del mundo a favor de la niñez. 

En 1973 en la Ciudad de México, viendo las condiciones en que vivían niños y niñas en esa región y en general en el país la Señora Elizabeth De Cou de Beteta crea la Fundación para el Desarrollo de la Comunidad y Ayuda Infantil (FUNDECAI), teniendo como base de su trabajo el garantizar mejores condiciones de vida para los niñas y niños más vulnerables. 

En 1989 la Doctora Sylvia van Dijk recibe la encomienda por parte de FUNDECAI para realizar un diagnóstico de las condiciones de vida de niñas y niños de Guanajuato y es así como en 1991 se instala la oficina de FUNDECAI en San Miguel Allende y se inicia el trabajo con la Niñez, mediante un modelo metodológico centrado en la participación de la infancia,  apoyando un proyecto de “Escuelas de Vinculación Comunitaria” que realizaba la SEP en escuelas Rurales del Norte del Estado. 

En 1992 Se realiza la constitución legal de la Institución y cambia su nombre por el de FUNDACIÓN DE APOYO INFANTIL GUANAJUATO A.C.

Se mantuvo un convenio de filiación y coordinación con Save the Children hasta el año 2010; en el año 2009, atendido las necesidades del Estado de Guanajuato, se hace miembro de la Unión Internacional para la Conservación de la Naturaleza.